Die Pläne zum Kirchenneubau gehen maßgeblich auf die beiden damaligen Patronatsherren Heinrich Adolf von Gersdorff und Karl Gotthelf Freiherr von Hundt und Alten-Grottkau zurück. Diese beauftragten im Jahr 1749 den späteren Stadtbaudirektor von Zittau, Andreas Hünigen, mit einem Neubau.
Die Grundsteinlegung erfolgte am 3. Juni 1749. Der Bau selbst erfolgte in zwei Abschnitten Zunächst wurde der Chorraum erbaut, der sich unmittelbar östlich an die alte Kirche anschloss. Zu dieser Zeit wurde die alte Kirche noch für Gottesdienste genutzt. Ab 1751 wurde der Gottesdienst in den neugebauten Teil verlegt und die alte Kirche wurde abgetragen und bis 1755 neu erbaut.
Der siebenjährige Krieg erschwerte das Bauvorhaben und so erfolgte der Innenausbau der Kirche erst ab 1763. Anschließend erhielt der Kirchturm seine heutige Gestalt. Am 28. September 1775 schließlich, nach 26 Jahren Baugeschichte, wurde die Kittlitzer Kirche in einem Festgottesdienst feierlich eingeweiht.
Im Laufe der Zeit erlebte die Kirche immer wieder Verschönerungen und Erneuerungen. So wurde 1859 eine Bärmig-Orgel eingebaut, die bis heute in Gebrauch ist. 1907/8 erfuhr die Kirche eine umfassende Renovierung. Dabei wurde der Turmhelm mit Kupfer bedeckt, das Dachmuster aufgesetzt und eine Dampfheizung eingebaut. 1979/80 wurden fast alle Kirchenfenster von der Kirchgemeinde in Eigenleistung renoviert und der Turm neu verputzt. 1993 drohte der Einsturz des Kirchenturms. Zug-Anker stabilisierten den Kirchturm, ein Gitterträger sichert den Dachstuhl und ein Unterbau das Geläut. Außerdem wurden Dach und Außenputz erneuert und auch von innen wurde die Kirche renoviert.